Главная→ Информация для покупателей→ Новости науки→ Ученые обнаружили около 4 тысяч новых белковых семейств человеческого мегагенома
Ученые обнаружили около 4 тысяч новых белковых семейств человеческого мегагенома
Благодаря ученым из института Стэнфорда (Калифорния, США) было сделано удивительное открытие — большая часть белковых семейств, которых обнаружили ученые, оказалась не представлена в базе данных. Собственно, поэтому и была затруднена их идентификация при различных сторонних исследованиях. В рамках проекта «Микробиом человека» удалось использовать в качестве ресурса около 1800 человеческих метагеномов, представляющих собой совокупный геном сообщества организмов, живущих в определенной области человеческого тела. Ученые попытались определить родственные последовательности, состоящие из коротких белков длиной не более 50 аминокислот. Подобные белки довольно трудно обнаружить, аппаратурой они попросту игнорируются, но их роль в организме весома — они, как минимум, помогают межклеточной коммуникации.
Опираясь на уже известные белки маленькой длины, учёные описали около четырех тысяч белковых семейств, которые в подавляющем количестве не имеют родственников, уже упомянутых в базе данных. С помощью аналитического оборудования и специальной программы, считывающей кодирующие последовательности и вычитающей уже имеющиеся в базе из общей массы, при этом основывающейся на эволюционных подписях, ученым в результате фильтрации массивных данных удалось выделить порядка четырех с половиной тысяч кластеров. Каждый кластер отвечал за отдельное белковое семейство. Ученых интересовали только те последовательности, которые имели сайт для посадки рибосомы.
В результате поиска ранее известными оказались всего около 190 — они или уже имелись в базе доменов, или были схожими с обнаруженными. Это произошло, в частности, потому, что выявление коротких белков сопровождается определенными затруднениями, стандартные методы не могут быть применимы для их обнаружения. Вот почему обычно происходят глобальные пропуски при аннотации геномов, в результате чего выявляются крайне немногочисленные гомологи. Для обнаружения большего количества гомологов ученые сняли ограничения в принципах считывания геномов. Дополнительно к этому был проведён анализ подлинности найденных генов, то есть исследовался факт синтеза РНК с искомых генов. Оказалось, что примерно три четверти гомологов из общего числа найденных имеют статус активных, при этом практически у 40% от общего числа идет одновременно синтез РНК и белка.
Данное открытие очень важно для понимания работы клеток, для получения информации о последовательностях ДНК, ранее никем не описанных. Таким образом, можно найти больше новых белков и изучить их трехмерные структуры.
- 27 июля 2022
-
Вирус гепатита Е поражает эндотелиальные клетки микрососудов головного мозга
Ученые обнаружили, что как квазиоболочечные, так и необолочечные HEV могут аналогичным образом проникать через гематоэнцефалический барьер.
- 23 июля 2022
-
Усы как гидродинамические датчики добычи у кормящихся тюленей
Недавно ученые отметили замечательный случай, когда усы способствовали добыванию пищи млекопитающими в экстремальных подводных условиях: глубоком, темном океане.
- 20 июля 2022
-
Функциональная ближняя инфракрасная спектроскопия выявляет активность мозга в движении
Метод fNIRS продвинулся от относительно простых измерений изменений содержания кислорода в крови к сложному методу регистрации реакций мозга в реальном времени, связанных с широким спектром действий и когнитивных задач.
- 16 июля 2022
-
Инъекция шванномы с ослабленным штаммом сальмонеллы индуцирует противоопухолевый иммунитет
Поскольку бактериальная иммунотерапия использовалась при лечении некоторых злокачественных новообразований, ученые оценили ослабленный штамм сальмонеллы в качестве иммунотерапии доброкачественной мышиной шванномы.
- 13 июля 2022
-
Изучен высоко обратимый металлический цинковый анод
Перезаряжаемая металлическая цинковая батарея на сегодняшний день считается важной технологией, которая может устранить цепочку поставок и экономический кризис, вызванный химией на основе лития.